Da sich das heutige genannte Ninjutsu dem ursprünglichen Ninjutsu unterscheidet, bezieht sich der folgende Text auf das alte Ninjutsu. Eins der letzten Ninja-Häuser ist in Koga/Japan zu besichtigen (Koga-Ninja).
Ausbildung im Ninjutsu Die Ausbildung der Ninja erfolgte nach strengen Regeln. So wurde die Kunst wie in den Samurai Ryu
nurvom Vater auf den Sohn übertragen. Ein Kind, das in eine Ninja Organisation hineingeboren wurde, hatte demnach auch keine andere Wahl, als die Kunst des Ninjutsu zu erlernen. Die Ausbildung begann zumeist schon im Säuglingsalter. Noch bevor sie laufen konnten, begann man, ihnen das Schwimmen beizubringen. Schon in jungen Jahren mussten die Kinder Hitze und Kälte sowie starke Schmerzen ertragen. Sie lernten stundenlang regungslos in einem Versteck auszuharren und Hindernisse mit Leichtigkeit zu überwinden. Ein Schwerpunkt des Trainings war das Kampftraining. Die Ausbildung im Kampf wurde in zwei Bereiche, Tai- Jutsu (Waffenlose Techniken) und Bukki- Jutsu, gegliedert. Das Tai- Jutsu beinhaltete unter anderem Ukemi- Waza (Falltechniken), Shinobi- Iri (Schleichen), 
Koppo- Jutsu (Knochenangriffe), Koshi- Jutsu (Organ- und Muskelangriffe), Nage- Waza (Wurftechniken), Ha- Jutsu (Befreiungstechniken) und Gyaku- Waza (Hebeltechniken). Den Schattenkriegern stand eine Vielzahl von Waffen zur Verfügung, welche sie bis zur Perfektion beherrschen musste. Dazu gehörte unter anderem die Ausbildung in Ken- Jutsu (Schwertkampf), Yari- Jutsu (Speerkampf), Bisento- Jutsu (Hellebarde), Shuriken- Jutsu (Wurfklingen), Yumi- Jutsu (Umgang mit Pfeil und Bogen), Kusarigama- Jutsu (Umgang mit Sichel und Kette). Neben der körperlichen wurde auch die geistige Ausbildung des Ninja gefördert. Diese Ausbildung beinhaltete okkultes und spirituelles Wissen, dass dem Ninja helfen sollte, die geistige Stärke aufzubringen, um seine Mission zu erfüllen. Man vermutet, dass dieses Spirituelle Wissen von den Yamabushi (Bergasketen) stammt. Die Yamabushi lebten, ebenso wie die Ninja, zurückgezogen in den Bergen. Später kamen weiter Ausbildungsaspekte hinzu. Der Ninja erlangte Kenntnisse im Festungsbau, Meteorologie, Chemie, Heilkunde, Sprengstoffe und Schusswaffen, Schauspielkunst, Strategie und Taktik sowie Tarn- Methoden
. Durch die im Training erlangten Fertigkeiten war der Ninja bestens gerüstet. Gewöhnliche Menschen schrieben dem Ninja übermenschliche Fähigkeiten zu und reagierten mit Angst und Aberglaube. Eine japanische Legende behauptet, dass die Ninja von den Tengu (langnasige, geflügelte Dämonen) abstammen. So glaubte man zum Beispiel, dass die Ninja fliegen, auf dem Wasser laufen, sich in Tiere verwandeln oder unsichtbar machen konnten. Doch diese Phänomene lassen sich mit der Ausbildung und dem Wissen der Ninja erklären. Wurde der Ninja bei einer seiner Missionen entdeckt, verbarg er sich blitzschnell vor den Augen seiner Verfolger und lies ein Tier aus einem Beutel frei. Die Verblüfften Häscher glaubten nun, der Ninja habe sich in ein Tier verwandelt. Die Ninja ihrerseits zogen ihren Nutzen aus dem Aberglauben und so entstanden viele Legenden um die Kunst der Schattenkrieger. Eine weitere Legende die sich noch bis heute hält, ist die Annahme, der Ninja trage immer einen schwarzen Kampfanzug mit Gesichtsmaske. Tatsache ist, dass der Ninja seine Einsätze meistens in alltäglichen Verkleidungen ausführte, zum Beispiel trat er als Samurai, Bettler oder Wandermönch in Erscheinung. Der Schwarze Kampfanzug stammt ursprünglich aus dem Kabuki Theater (traditionelles japanisches Theater). Darsteller, die verborgen im Hintergrund agieren tragen ein schwarzes Kostüm mit Gesichtsschleier.
